ライラは私たちとよく似た世界に暮らす少女だが、彼女が暮らす世界では、人間の魂はダイモン（守護精霊）と呼ばれる動物の姿をしており、人間とダイモンは強い絆で結ばれている。一方、この世界は何世紀にもわたり、あらゆる権力を握るマジステリアムに支配されてきた。探検家の叔父アスリエル卿はいるものの孤児として育ったライラの元に、謎めいたコールター夫人が現れ、ある打診をする。一方、周辺では何者かに子どもがさらわれる事件が相次いでおり、彼らを救うためライラは黄金の羅針盤を手に北極へと向かう。冒険の先でライラを待ち受ける運命とは…?
