世界各地に突如現れた巨大な宇宙船の出現で、地球はパニックとなる。だがその宇宙船V（ビジター）の指導者アナは怯える人類に対し、平和と友好、そして最新技術や医療の提供を約束。彼らに人類は多大な期待と信頼を寄せるようになるが、実は彼らにはある陰謀があるのだった。FBIの対テロ戦略部の捜査官エリカは相棒のデールと共にテロ組織のアジトに乗り込み、そこで死体と共に発見した情報を元に“ある集会”に乗り込む。そこはVの壊滅を計画するレジスタンスの集会だった。そこでエリカはジャックや、Vの一員でありながら脱出し、Vに反旗を翻したライアンなどと出会う。果たして人類の未来はいかに…。
