ベテランのチャプリン艦長率いる、米海軍の弾道ミサイル原子力潜水艦“USSコロラド”。パキスタンに核ミサイルを発射せよという指令が届くが、なぜか通常のワシントンDC本部からではなく、南極司令部から出ていた。腑に落ちないチャプリンと副長のサムは発射寸前で中断し、司令本部に確認を求めるが、命令に背いたとしてチャプリンは艦長の職を解かれてしまう。すると突然、味方の潜水艦イリノイからミサイルを打ち込まれ、船は損傷し、何名かの犠牲者が出る。チャプリンは決死の反撃に出ることを決意し、インド洋に浮かぶ美しいサンタマリナ島に上陸する。
