ニューヨーク市警のリンカーン刑事は連続殺人鬼”ボーン・コレクター”を追跡中、罠に掛かって重傷を負い、脊椎損傷により四肢がまひしてしまう。その3年後、FBIでプロファイルすることを目指しながら妹を育てる女性巡査アメリアは地下鉄で変死体を発見する。リンカーンの元相棒セリートは”ボーン・コレクター”の新たな犯行とにらみ、アメリアを連れて引退したリンカーンを訪問。説得された彼はアメリアやかつての部下科学捜査官ケイトやITに強いフェリックスらとともに、新たな状況に適応しながらニューヨークの難事件を捜査する。