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2019年 / アメリカ
FOXある日、宇宙探査艦「オーヴィル」の艦長に大抜擢されたエド・マーサー。1年前に妻に浮気され離婚してから落ち込んでばかりいたが、思いがけず子どもの頃からの夢であった艦長になれる日がやって来たのだ。操縦士には親友のゴードンを指名したものの、他の乗組員は知らない連中ばかり。しかも、副長が決まらないまま、早速イプシロンIIの研究センターに補給物資を届けるため出航することに。途中の宇宙ステーションで優秀な副長が合流すると聞かされ一安心したエドだったが、乗艦してきたのは元妻ケリーだった――。
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1994年 / アメリカ
UPNカーク船長やミスター・スポックたちエンタープライズ号のクルーによる、伝説の調査航海から約1世紀後の24世紀。地球を中心とする150の文明圏で構成される惑星間同盟“惑星連邦”と“カーデシア連邦”の敵対が続いていた。カーデシア連邦は惑星カーデシア・プライムを母星とし、武力を使って資源を他の星系に求める軍事国家である。惑星連邦内の反組織マキはカーデシア連邦との国境付近に潜み、カーデシア軍の謀略を阻もうと活動していた。惑星連邦のキャスリン・ジェインウェイ艦長率いる最新鋭の宇宙船ヴォイジャー号は、未開の星域で行方を絶ったマキの宇宙船を捜す任務にあたっていたが、未知なる生命体の驚異の力で銀河系のはるか彼方“デルタ宇宙域”に飛ばされてしまう。地球からは最大ワープスピードで進んでも70年を要する場所にいる彼ら。敵対するヴォイジャーとマキ両船のクルー達は生きて戻るべく団結するが、果たして彼らは地球への帰還できるのか。