かつて有罪判決を受け死刑を宣告された主人公のニキータは、刑を逃れる代わりにある闇組織のエージェントになる。その組織とは、政府の一部の要人たち＜オーバーサイト＞が、国家のためという名目で自分たちの陰謀を遂行させるために作った＜ディヴィジョン＞。ニキータはディヴィジョンで厳しい訓練を受け、一流の暗殺者へと育て上げられた。しかし、たった一人の愛する人を組織に奪われたことで組織から抜け出すことを決意し、脱走。それから3年後。再び組織の前に姿を現したニキータは、組織で身につけた術を駆使して、自分の人生を奪ったディヴィジョンへ復讐を始める。
