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2008年 / アメリカ
FOXボストン国際空港に自動着陸した機内では、乗員･乗客全員の肉体が溶け落ち骨だけになっていた。FBI捜査官のオリビア・ダナムは、相棒スコット捜査官と共に捜査に加わる。すると捜査上にウォルター・ビショップ博士という、フリンジ・サイエンス（非主流科学）の天才博士の名が浮き上がる。しかし、博士は17年間ある施設に収容されており、博士に相談できる唯一の手段は、疎遠になっていた博士の息子のピーターに協力を頼むことだった。IQ190の天才ピーターをなんとか説き伏せ、オリビア、ウォルター、ピーターの3人は事件を追う。そして、死のフライトで起きた事が、さらに巨大で衝撃的な真実の氷山の一角に過ぎないと知るのだった…。